Die Behandlung mit Arzneien ist eine weitere Hauptsäule der TCM – in China macht sie sogar 80 Prozent der Behandlungen aus. Die Zahl der verwendeten Einzelsubstanzen liegt bei rund 2000, etwa 85 Prozent sind pflanzlicher Herkunft, der Rest ist mineralischen und tierischen Ursprungs.

Auch aus Natur- und Tierschutzgründen werden in Europa fast ausschließlich pflanzliche Mittel (Phytotherapie) aus kontrolliertem Anbau verordnet. Die häufigste Darreichungsform ist das Dekokt, seltener werden Pillen, Tinkturen oder Tees eingesetzt. Die Arzneimitteltherapie wird insbesondere bei lang anhaltenden Beschwerden eingesetzt.